ইউনিয়ন পরিষদ সচিবদের মোট বেতনের ৭৫% মন্ত্রণালয় হতে বছরে ৪ কিস্তিতে (প্রতি তিন মাস অন্তর) জেলা প্রশাসকের বরাবর বরাদ্দ দেয়া হয় । অবশিষ্ট ২৫% সংশ্লিষ্ট উপজেলা হতে বছরের বিভিন্ন সময়ে জেলা প্রশাসকের সংশ্লিষ্ট হিসাবে প্রদান করা হয় । মন্ত্রণালয় এবং উপজেলা হতে এ ধরনের অনিয়মিত বরাদ্দ প্রাপ্তির ফলে ইউনিয়ন পরিষদ সচিবগণের বেতন প্রতি মাসে প্রদান করা সম্ভব হয় না । অধিকাংশ ক্ষেত্রে প্রতি ২/৩ মাস অন্তর প্রদান করা হয় । এতে ইউনিয়ন পরিষদের সচিবরা আর্থিক অনটনে থাকেন, যার ফলে তাদের কর্মষ্পৃথা কমে যায়।
ইউনিয়ন পরিষদের সচিবদের বেতনের ২৫% বাবদ ১২ মাসের সমুদয় অর্থ সংশ্লিষ্ট বছরের শুরুতে সকল উপজেলা নির্বাহী অফিসারের কার্যালয় হতে জেলা প্রশাসকের সংশ্লিষ্ট খাতে জমা নিশ্চিত করা হবে। একটি সফটওয়্যার তৈরীর মাধ্যমে অর্থ জমাদানের বিষয়টি মনিটর করা হবে। টাকা জমা হওয়ার সাথে সাথে সংশ্লিষ্ট উপজেলা নির্বাহী অফিসার ইমেইল ও এসএমএস-এ বার্তা পাবেন। যে সকল উপজেলা হতে যথাসময়ে অর্থ প্রদান করা হবে না, তাদেরকে অর্থ জমা প্রদান না করা পর্যন্ত প্রতি সপ্তাতে এসএমএস ও ইমেইলে এ্যালার্ট বার্তা প্রদান করা হবে। একই সাথে অর্থ জমা প্রদান সংক্রান্ত একটি সমন্বিত প্রতিবেদন জেলা প্রশাসকের নিকট প্রতিমাসে পেশ করা হবে। প্রতিমাসে ইউপি সচিবকে ১০০% বেতন প্রদান করা হবে। মন্ত্রণালয় হতে বেতনভাতার ৭৫% বরাদ্দ ৩ মাস অন্তর অন্তর প্রাপ্তির পর তা সমন্বয় করা হবে।বেতনভাতাদির হিসাব spread sheet এর মাধ্যমে নিয়মিত আপডেট রাখা হবে এবং এসএমএস ও গ্রুপ মেইল এর মাধ্যমে বেতন ভাতাদির তথ্য সচিবদের জানানো হবে।